Un test pour déterminer la résistance des variétés de pêches à Xanthomonas
Un nouveau test ADN américain permet de déterminer les variétés de pêches résistantes ou sensibles à la bactérie Xanthomonas. Une avancée pour la création de variétés résistantes à cette bactérie.
Un nouveau test ADN américain permet de déterminer les variétés de pêches résistantes ou sensibles à la bactérie Xanthomonas. Une avancée pour la création de variétés résistantes à cette bactérie.
Un test ADN pour dépister la résistance des fruitiers à la bactérie Xanthomonas arboricola pv. Pruni, vient d’être validé en France. Mis au point dans la collection de pêchers de l’Université de Clemson (Caroline du Nord - USA), ce test ADN s’y utilise en routine pour repérer les versions des marqueurs moléculaires indiquant une résistance à cette bactérie, ou un profil résistant. Il permet de distinguer sans ambiguïté les individus résistants des individus sensibles pour deux loci portés par les chromosomes 1 et 6.
Cet outil développé et disponible outre-Atlantique n’avait jusque-là jamais été testé en France ou en Europe, alors que les professionnels sont relativement démunis face à cette maladie bactérienne. Auparavant, de nombreux pays avaient déjà caractérisé, d’une part, les souches de X. pruni présentes sur leur territoire, et d’autre part, les cultivars de pêcher selon leur degré de résistance à cette bactérie pathogène, à la fois en conditions de laboratoire, et en conditions de verger. Une variabilité génétique des réactions à cette maladie chez le pêcher est flagrante. Le développement de variétés peu sensibles ou tolérantes à X. pruni est donc une alternative pertinente aux traitements cupriques contre la maladie.
Un test validé sur les variétés françaises
Depuis 2018, l’unité Génétique et amélioration des fruits et légumes d’INRAE d’Avignon et la Sefra (Rhône-Alpes) se sont associées dans un projet financé par un appel Casdar pour tester cet outil américain sur les variétés cultivées en France et les hybrides des programmes de sélection. Un des enjeux de ce projet, activement accompagné par l’AOP pêches et abricots de France, vise à valider le test ADN dans des fonds génétiques français différents de ceux testés aux USA. Dans un premier temps, le jeu de marqueurs moléculaires a été validé sur un lot d’une quarantaine de variétés fournies par la Sefra. Elles ont été choisies pour leur moindre ou forte sensibilité connue à X. pruni.
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Les feuilles des variétés à analyser ont été prélevées et l’ADN extrait. Le test ADN consiste en l’analyse de trois marqueurs pour le chromosome 1 et quatre marqueurs pour le chromosome 6. Chaque ensemble de marqueurs indique la tolérance par chromosome. A partir de ces données, le comportement attendu en termes de résistance a été confronté au phénotype. Ce test ADN a ensuite été fait sur 54 parents ou descendants de ces variétés pour pouvoir confirmer l’interprétation des résultats. En conclusion, 11 variétés avec un phénotype tolérant portent bien des allèles de résistance d’après le test ADN, dont 7 sur les deux chromosomes. Ce test est donc opérationnel et peut être utilisé pour caractériser de nouvelles variétés.
Des géniteurs identifiés pour transmettre la résistance
Dans un second temps, le test ADN a été utilisé sur 102 variétés supplémentaires (commerciales ou récentes), sans observations, et 10 d’entre elles portent des allèles de résistance sur les deux chromosomes. L’utilisation de ce test ADN a été étendue à la collection Pêcher INRAE, sous-ensemble de 191 pêchers. Sept d’entre eux ont ainsi été repérés avec des profils complètement résistants sur les deux chromosomes, parfaits pour transmettre systématiquement des allèles de résistance à leurs descendants : Bolinha, Cardinal, Chui Lum Ta, Nectarine cerise, Nemaguard, Sudanell et Super Crimson.
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Le projet a pu établir des listes de variétés à recommander aux producteurs pour la plantation en zone sensible, et ainsi proposer une solution alternative et pérenne aux traitements cupriques. Un calendrier des variétés conseillées dans les zones à forte pression est disponible sur la page internet du projet ReXapPech. En 2021, une vingtaine de variétés supplémentaires seront analysées pour le compléter. Ce projet a permis de mettre en place des échanges entre les différents instituts impliqués : INRAE, Sefra et AOP pêches et abricots de France et également avec les acteurs de la profession. Des actions de communication ont été réalisées à maintes reprises. Cette année, la Sefra présentera les résultats du projet lors de son exposition annuelle, le 31 août. Une journée portes ouvertes avec visites des parcelles est prévue le 17 juin.
Créer des variétés résistantes
Un autre objectif important du projet était de commencer la création variétale pour la résistance à X. pruni chez le pêcher au sein d’INRAE. Pour ce faire, des croisements contrôlés ont été réalisés à partir de deux pro-géniteurs de résistance à cette maladie, SCo8-26008 et Loring, fournis par Clemson University. Les individus issus de ces deux combinaisons (Zephyr x SCo8-26008 et Zephyr x Loring) ont été élevés en serre et plantés en 2016 dans une parcelle de la Sefra, en zone où la maladie est endémique, pour une expérimentation en place dans le cadre de contaminations dites naturelles.
Le test ADN a été utilisé sur les individus des deux descendances F1, respectivement 101 et 173 individus. Ces deux descendances F1 sont très homogènes et ne présentent pas de sensibilité à X. pruni en verger. L’évaluation de la qualité des fruits a été réalisée en 2019 et 2020 par la Sefra, et a permis de choisir trois individus de la descendance Zephyr x Loring pour réaliser des autofécondations afin d’obtenir des plantes complètement résistantes aux 2 loci. A l’issue de ce criblage, 11 plantes avec le profil résistant aux deux chromosomes ont été conservées. En 2021, d’autres croisements contrôlés entre individus des deux descendances portant des allèles complémentaires ont été réalisés. Le test ADN sera réalisé en fin d’année pour ne conserver que des individus avec des profils de type résistant.
Une maladie présente au niveau mondial
La maladie des taches bactériennes, causée par la bactérie Xanthomonas arboricola pv. pruni (X. pruni), est à l’origine de dégâts importants sur les arbres fruitiers à noyau, notamment sur le pêcher, l’abricotier et les pruniers. Cette maladie est maintenant présente au niveau mondial dans toutes les grandes régions productrices de fruits à noyau. Au sein de l’Union Européenne, X. pruni a été considérée comme un organisme de quarantaine de 2000 à 2020. Depuis juin 2020, elle est classée dans la liste des Organismes réglementés non de quarantaine (ORNQ).
Les premiers dégâts sérieux ont été constatés en 2000 et 2001 sur des parcelles de pêchers du Gard et de la Drôme. La maladie s’est rapidement étendue au niveau régional en Languedoc-Roussillon, Rhône-Alpes, Midi-Pyrénées et dans une moindre mesure en PACA. Elle semble aujourd’hui circonscrite aux Costières du Gard, à la Drôme et à quelques zones adjacentes. En verger contaminé, la lutte contre X. pruni repose essentiellement sur des applications préventives de bactéricides à base de cuivre. Cependant, ces traitements n’ont souvent qu’une efficacité modérée et des cas de résistance au cuivre de la bactérie du genre Xanthomonas arboricola pv. juglandis ont déjà été observés en France, ce qui incite fortement à diminuer ou se passer autant que faire se peut des applications de cuivre en verger.
