Évaluation génétique : quels seront les bénéfices à tirer du Single-Step pour les races allaitantes ?
Le Single-Step, nouvelle méthode d’évaluation du potentiel génétique en une étape, sera déployé pour les races allaitantes courant 2025. Cette bascule conduira à des index Iboval encore plus justes. En parallèle, elle permettra d’ouvrir la génomique pour tous et d’introduire, pour les OS qui le souhaitent, plusieurs évolutions pour favoriser le maintien voire l’élargissement des bases de sélection.
Le Single-Step, nouvelle méthode d’évaluation du potentiel génétique en une étape, sera déployé pour les races allaitantes courant 2025. Cette bascule conduira à des index Iboval encore plus justes. En parallèle, elle permettra d’ouvrir la génomique pour tous et d’introduire, pour les OS qui le souhaitent, plusieurs évolutions pour favoriser le maintien voire l’élargissement des bases de sélection.
Le déploiement du Single-Step se rapproche. « Il sera réalisé courant 2025 pour les races allaitantes », confirme Philippe Boulesteix, coordinateur de la production et la diffusion des index des races bovines allaitantes à l’Institut de l’élevage (Idele), à l’occasion d’une conférence au Space le 19 septembre.
Mise au point par Inrae et l’UMT eBIS, cette nouvelle méthode a vu le jour en 2022, dans le cadre du projet Unigéno. Elle permet d’exploiter la totalité des données de généalogie et de performances mais également le génotypage d’un animal en une seule étape. Mais quels seront les bénéfices réels à tirer du Single-Step en ferme une fois sa mise en route effective ? Résumé en sept points.
1. La généralisation de l'utilisation des génotypages pour un maximum de races et d’évaluations
Après le passage au Single-Step, l’indexation génomique sera rendue possible pour au moins sept races allaitantes (charolaise, limousine, blonde d’Aquitaine, aubrac, salers, parthenaise, rouge des prés), contre trois auparavant. Elle sera utilisée dans la plupart des évaluations et l’essentiel des index.
Le nombre de races allaitantes concernées par la génomie va doubler.
« Le partage des informations génomiques entre animaux typés et non typés fait qu’il n’y aura plus d’effet de seuil du nombre d’animaux nécessaires dans la population de référence », explique Philippe Boulesteix, avant d’ajouter « néanmoins, plus il y aura de génotypages d’animaux dans une race donnée, plus les résultats seront précis ».
2. Des gains de précision par l’inclusion des animaux typés dans l’évaluation
Grâce au Single-Step, le partage d’informations polygéniques et génomiques ne se cantonnera plus seulement à l’animal (ou uniquement à son père s’il est typé). Il sera étendu à tous ses apparentés directs, permettant ainsi de gagner en précision et de faciliter l’interprétation des index publiés entre les animaux typés et non typés, une des limites du système actuel.
3. Des prédictions plus justes pour les animaux sans performances
Le Single-Step permet la mise en place de prédictions génomiques plus justes pour les animaux sans performances. « Pour ce faire, on applique un facteur dit "d’érosion" sur les équations de prédiction », indique Philippe Boulesteix. Ainsi, deux veaux avec le même typage n’auront pas forcément le même index, selon leur éloignement à la population de référence. Plus un veau est « loin » de la population de référence, plus on régresse l’effet de ses marqueurs vers la moyenne.
4. La prise en compte des Groupes de Parents Inconnus
Les logiciels actuels ne permettaient pas la prise en compte des groupes génétiques, ce qui occasionnait des « trous de générations ». Problème résolu avec le Single-Step, qui tient compte des Groupes de Parents Inconnus (GPI) et leur affecte des valeurs génétiques crédibles. « Cela améliorera la prédiction des valeurs génétiques, en intégrant les effets de la sélection réalisée dans la population des reproducteurs sans généalogie connue », indique Philippe Boulesteix.
5. La suppression des biais de présélection génomique
« Jusqu’alors, les génotypages se cantonnaient surtout aux candidats à la sélection qui font un peu partie de l’élite, ce qui pouvait engendrer des biais dans les évaluations qui se faisaient en deux étapes », explique l’expert.
« Désormais, pour tous les animaux typés, le génome n’est plus une boîte noire », relève Philippe Boulesteix, coordinateur de la production et la diffusion des index des races bovines allaitantes à l’Idele.
Le Single-Step tient compte d’une éventuelle présélection génomique et corrige ce biais dans les évaluations.
6. L’intégration facilitée de nouveaux caractères
En lien avec une meilleure valorisation des génotypages des animaux ayant des performances propres, la bascule facilitera l’intégration de nouveaux caractères.
7. La pondération par chaque organisme de sélection des caractères en fonction des orientations de chaque race
Autre avancée qui accompagnera le déploiement du Single-Step en races allaitantes : une appréciation de plus en plus fine des aptitudes de naissance et de vêlage. En effet, en plus de l’intégration des conditions de naissance et du poids de naissance, tous les tours de poitrine des animaux récoltés par les éleveurs depuis 2013 seront directement exploités.
« Chaque organisme de sélection (OS) choisit la pondération qu’il souhaite appliquer à chacun des caractères concernés dans la construction des index en fonction des choix raciaux », souligne le spécialiste.
Également, la bascule occasionne la refonte du calcul des poids à âge-type (PAT) et de leur valorisation pour l’Iboval. GenEval ne sélectionnera que les PAT avec un niveau de fiabilité souhaité par chaque OS.
Autre changement : jusqu’ici, un seul poids avant sevrage (à 120 jours et à 210 jours était valorisé par animal. Désormais, le Single-Step intègre dans son calcul les effets directs (CRsev) et les effets maternels (ALait) de chacun des PAT valides, soit quatre index au total. Là encore, l'utilisation des index élémentaires est potentiellement différente selon les OS pour construire des index CRsev et ALait.
« Plus le caractère est héritable, plus il sera en mesure de s’approcher de la réalité appréciée par l’éleveur, indique Emeric Dugas, ingénieur généticien à GenEval. C’est forcément moins évident pour les effets directs en comparaison aux effets maternels ».
De nouveaux index à venir
De manière concomitante, quelques adaptations complémentaires ont été mises en œuvre : « On a recalculé la façon dont on élabore les coefficients de détermination associés aux index. Pour plus de visibilité, on a choisi de publier de nouveaux index à partir des performances en ferme tels que "RENOUV" mais également des index techniques comme "VIANDE" et "REPRO" », explique Philippe Boulesteix.
« Notre rôle en tant qu’OS, est, au travers de ces évolutions qui sont nombreuses, de trouver les propositions les plus adéquates en fonction des évolutions de sélection et des réalités du terrain en cohérence avec nos orientations raciales », témoigne Ophélie Priault, directrice de la Sica Domaine des Rues pour la race rouge des prés.
En parallèle, les techniciens des OS doivent préparer les éleveurs à l’arrivée de toutes ces nouveautés pour une meilleure acceptabilité et une utilisation facilitée à l’avenir.
Voir aussi le Single-Step expliqué en vidéo
Pourquoi le déploiement du Single-Step est plus long que prévu ?
« Tous ces changements occasionnés ont nécessité le passage en revue par les instituts techniques et par les organismes de sélection de chaque index pour s’assurer que les nouveaux index Iboval de type "Single-Step" prédisaient correctement les performances futures des jeunes bovins allaitants en ferme. Au total, plus de 600 index ont été vérifiés », explique Philippe Boulesteix. Une fois la méthodologie éprouvée, il a fallu s’assurer que le nouveau logiciel de calcul serait capable de prendre en compte l’ensemble des caractéristiques des bovins laitiers et allaitants, ce qui a représenté un travail de longue haleine.
En parallèle du passage au « Single-Step », qui permet d’inclure la génomique pour tous, les OS ont souhaité introduire plusieurs évolutions pour favoriser le maintien voire l’élargissement des bases de sélection (sélection des données de naissance et de poids, construction d’index…). « On a tenu à ce que chaque OS puisse valider unitairement tous les changements à venir avant un déploiement global », justifie l’expert. Enfin, l'ultime tâche à réaliser, en cours actuellement, consiste à revoir l'ensemble du système d'information de la diffusion des valeurs génétiques pour pouvoir mettre à disposition l'ensemble de ces valeurs au plus grand nombre.
