GénoCellules est une méthode permettant de déterminer le niveau cellulaire de chaque chèvre à partir de l’analyse ADN d’un échantillon de lait de tank. Issue des travaux de recherche du groupe Seenergi, elle a été développée initialement pour les vaches laitières. Le projet GénoCap, piloté par Seenovia, CapGènes et Apis Diffusion, avait pour objectif de valider la méthode pour les chèvres, avec l’appui financier de la Région Pays de la Loire. Pour cela, les résultats obtenus via GénoCellules ont été comparés aux données du contrôle de performance dans huit élevages ligériens. 3 000 chèvres ont ainsi été génotypées. Les résultats sont positifs, GénoCellules identifie bien les chèvres les plus contributrices aux cellules du tank.
Responsables de la présence de cellules
L’ADN de chaque chèvre étant unique et les cellules du lait contenant de l’ADN, le génotypage du lait de tank permet d’obtenir les numérations cellulaires de chacune des chèvres. La première étape est donc le génotypage de toutes les femelles d’un troupeau. Dans l’échantillon de lait de tank, l’analyse va détecter de l’ADN de chèvre et le comparer aux chèvres du troupeau, permettant d’identifier les responsables de la présence de cellules.
L’intérêt est à la fois d’identifier les chèvres toujours contributrices ainsi que les nouvelles et de suivre les évolutions. L’éleveur peut ainsi prendre ou non la décision de réformer une chèvre ou échanger avec son vétérinaire.
Au-delà de la validation technique de la méthode, l’enjeu de GénoCap est aussi de tester les circuits logistiques, l’utilité des résultats pour l’éleveur, l’informatisation et le volet économique. « Ce nouvel outil met en avant les deux ou trois chèvres les plus contributrices à la concentration cellulaire du lait de tank, a témoigné Christophe Bonneau, éleveur en Vendée, lors de la présentation du projet par Seenovia début juin. Cela renforce nos observations d’éleveurs. »
La génomique sur la voie femelle dans les starting-blocks
Autre volet du projet GénoCap, la génomique sur la voie femelle. La méthode d’indexation génomique combine les informations utilisées auparavant, les pedigrees et les performances de toutes les chèvres suivies en contrôle laitier officiel, à celles apportées par les génotypages. Ainsi, l’estimation de la valeur génétique des individus gagne en précision. À partir de 2018, le génotypage a été utilisé pour tous les boucs du schéma de sélection candidats à l’entrée en centre. Depuis deux ans, avant l’entrée au catalogue des boucs, leurs mères sont génotypées. En quelques années, la précision des index est passée de 47 à 68 CD, notamment grâce au programme GénoCap qui a permis de génotyper un nombre important de mères. Les retours des éleveurs ayant participé au projet sont positifs. Il est intéressant, selon eux, d’avoir les index des chevrettes génotypées avant la mise à la reproduction. Et encore plus utile d’avoir cette information avant le choix des chevrettes de renouvellement. « Cette année, sur les vingt-cinq premiers ICC de mon troupeau, j’en avais écarté six à l’origine, a témoigné Antoine Rapin, éleveur en Vendée. Le génotypage permet de rattraper des animaux avec un bon potentiel génétique. »
