Fumiers et lisiers : une source de contamination à maîtriser

De nombreux agents pathogènes responsables de maladies infectieuses ou parasitaires sont présents dans les sécrétions ou les déjections animales, fécales ou autres. Les fumiers et lisiers sont concernés par cette situation et demandent donc la mise en place de précautions particulières lors de leur gestion.

Une population bactérienne conséquente…
Les effluents concentrent en premier lieu les bactéries responsables des diarrhées, excrétées avec les fèces. De plus, les eaux fœtales, les sécrétions utérines et vaginales, les placentas peuvent contenir en grandes quantités les agents responsables des avortements et des infections génitales des ruminants. Enfin, des bactéries responsables de diverses infections podales, ombilicales, rénales peuvent être évacuées vers les effluents avec les suppurations ou l’urine. La durée des risques engendrés va de quelques jours à quelques semaines. Si la relative brièveté de la survie des bactéries minimise les risques avec le temps, le fait qu’elles soient capables de provoquer des maladies chez l’homme (fièvre Q par exemple) nécessite une prudence soutenue.

...avec des situations particulières
Les clostridies, responsables de maladies comme l’entérotoxémie, le tétanos ou le botulisme sont très résistantes dans le milieu extérieur. Sous leur forme de spore, elles peuvent survivre plusieurs années voire plusieurs dizaines d’années. Pour la paratuberculose, la caractéristique de Mycobacterium paratuberculosis est sa grande résistance dans le milieu extérieur, de l’ordre de 150 jours dans le fumier. Elle apprécie un environnement humide et acide, et si les fèces ont un effet bactériostatique sur le germe, l’urine des ruminants a un effet bactéricide (pH alcalin le plus souvent). Le mélange fèces plus urine (lisier) donne un milieu plus hostile au germe que les fèces seules (fumier).

Une présence virale persistante des agents des diarrhées néonatales
Les virus persistent plusieurs mois dans les déjections à des concentrations élevées. Ils ne sont que faiblement touchés par les fermentations et par l’élévation de température. Cependant, au cours de l’utilisation agronomique des effluents d’élevage, seules quelques maladies virales animales peuvent être occasionnellement transmises par leurs écoulements ou par leur épandage. Ce sont essentiellement des maladies digestives : gastro-entérites dues aux entérovirus, coronavirus, rotavirus. Les maladies respiratoires, dont les agents viraux peuvent résister dans les déjections, ne sont transmises que par la contamination aérienne due aux animaux excréteurs. Il en est de même pour le virus de la BVD dont la persistance dans le milieu extérieur est faible (moins de 10 jours dans les fèces, quelques minutes sur une pince mouchette).

Quelques parasites de stabulation particulièrement résistants
La contamination directe des prairies en parasites se fait principalement par les bouses des animaux qui les pâturent mais l’épandage des effluents reste un facteur de risque. Les œufs ou les ookystes de certains parasites sont si résistants que leur dissémination peut constituer la chaîne de transmission entre animaux d’une année à l’autre.

Gestion des fumiers, des composts…
Le Règlement Sanitaire Départemental précise que les fumiers sont déposés sur une aire étanche et doivent être à plus de 35 mètres des puits, forages ou cours d’eau. La superficie de l’aire de stockage sera fonction de la plus longue période pouvant séparer deux évacuations successives des déjections solides. Des mesures appropriées sont prises pour éviter l’accès des animaux et empêcher la pullulation des insectes. Dans le fumier, les processus thermiques très importants, liés aux fermentations, limitent considérablement la survie des agents infectieux et des parasites, avec un effet épurateur en quelques semaines. Dans les composts, les réactions biochimiques en milieu aérobie provoquent des élévations de températures plus rapides et plus intenses d’une dizaine de degrés environ. Toutefois, diverses parties de ces deux types d’effluents n’atteignent pas uniformément des températures élevées : les parties superficielles du fait d’échanges thermiques avec l’air ambiant et les parties profondes si la quantité de paille est insuffisante. Il faut environ 8 kg de paille par animal et par jour pour atteindre 60 °C en fermentation anaérobie et 70 °C en fermentation aérobie. Cette quantité de paille est rarement atteinte quel que soit le type de logement et, de ce fait, les températures qui en découlent non plus. Cependant, si la durée de stockage du fumier est de l’ordre d’un mois, sans nouvel apport quotidien, un seuil de sécurité suffisant est obtenu, la durée d’une température modérément élevée compensant l’effet d’une température très élevée.

… et des lisiers
Les règles de stockage sont les mêmes que pour les fumiers et la cuve doit être étanche. Dans les lisiers de bovins, la température reste assez basse et assez constante (20 à 30 °C). Ce phénomène est favorable à une survie des bactéries plus longue dans ce type d’effluent que dans les fumiers et dans les composts. Mais la compétition pour les substrats nutritifs avec les bactéries commensales, ces dernières étant beaucoup plus nombreuses, entraîne une disparition des bactéries pathogènes avec des durées de stockage de deux mois s’il n’y a pas de réensemencement quotidien par les fèces des animaux excréteurs. La seule difficulté du contrôle de la contamination des fosses reste la latence entre l’épandage et le remplissage total des fosses. La teneur en matière sèche des différents produits semble jouer sur l’homogénéité des concentrations de bactéries en différents points du stockage. La variation est faible pour les lisiers alors que dans les fumiers, l’écart entre échantillons du même tas peut atteindre ou dépasser un facteur 10.

Une variabilité des risques selon le type d’agents pathogènes
Certains agents pathogènes s’avèrent plus résistants (spores de clostridium, mycobactéries, virus de diarrhées néonatales, ookystes…). La période d’un mois pour les fumiers ou deux mois pour le lisier se trouve insuffisante pour permettre un assainissement des effluents par rapport à ses entités. Des précautions supplémentaires doivent donc être mises en place pour une prévention efficace vis à vis de ces maladies. L’enfouissement est une précaution supplémentaire pour protéger la végétation de surface et la dissémination aérienne mais son efficacité est limitée s’il y a une forte infiltration d’eau et surtout du ruissellement et de l’érosion due à des précipitations importantes. Par temps ensoleillé, la destruction des micro-organismes est en revanche rapide. Les risques de contamination par les effluents contenant des agents pathogènes par ingestion d’herbe sont modérés si l’on prend la précaution de ne faire pâturer les parcelles ayant reçu ces effluents que 8 semaines après leur épandage, sauf en présence de germes résistants.

Une gestion globale des effluents à réfléchir
Trois étapes sont nécessaires pour définir les précautions sanitaires :
1. Une connaissance du niveau de contamination des effluents utilisés. La concentration de microbes pathogènes découle des pathologies observées dans l’élevage. Une attention particulière sera portée sur les pathologies à germes résistants.
2. Une période de stockage définie (sans nouvel apport quotidien). En cas de présence de pathologie à germes résistants, l’action sera adaptée (durée de stockage portée à 6 mois, pas de bovins à proximité des tas et non-utilisation sur prairies pâturées).
3. Des risques résiduels résultant de l’utilisation agronomique des effluents d’élevage : contamination directe de l’eau des mares ou des cours d’eau.
N’oublions pas dans nos éléments de prévention le nettoyage et la désinfection des matériels de transport et de manipulation des différents effluents d’élevage, en particulier pour ceux utilisés collectivement. Là aussi, comme dans toute action sanitaire de prévention, l’action demande à être individuelle mais aussi collective afin d’éviter les contaminations de voisinage (transmission par l’eau).