Nucléus teste trois nouvelles pistes de sélection génétique porcine

Intelligence artificielle, identification individuelle, alimentateurs et bascules connectées, analyse du comportement des animaux par la vidéo, outils numériques de récolte et de traçabilité des données… 

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Les nouvelles technologies font une entrée en force dans les élevages de porcs et permettent de développer des solutions pour améliorer les performances techniques et économiques. Les schémas de sélection comptent bien utiliser aussi ces outils pour améliorer la sélection génétique de leurs animaux. 

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Nucléus travaille actuellement sur trois projets qui pourraient à la fois modifier en profondeur la sélection sur les critères actuels et s’orienter sur de nouveaux critères à forte rentabilité économique jusqu’alors difficilement sélectionnables.

Dans le cadre du projet Actae réalisé avec les membres d’Alliance R&D ⁽¹⁾, Nucléus a investi dans des caméras connectées pour analyser le comportement des truies à partir d’images enregistrées autour de la mise bas. L’objectif est de faire un lien entre ce comportement et le nombre de porcelets écrasés grâce à l’intelligence artificielle. « Avec les caméras, nous pouvons caractériser le comportement de chaque truie à partir d’un éthogramme ⁽²⁾ », explique Bruno Ligonesche, responsable R&D à Nucléus. Leurs postures sont déclinées en plusieurs catégories précisément décrites (debout, couchée sur le ventre ou sur le côté, assise…). Les durées pour chaque posture seront également analysées ainsi que leur fréquence et leurs horaires sur la journée.

À la mi-avril, une cinquantaine de truies ont été filmées dans cinq élevages de sélection Nucléus. « L’objectif est d’arriver à un total de 300 truies en fin d’année pour valider la fiabilité de cette méthode. » Les données sont enregistrées dans un petit boîtier électronique situé dans la maternité (un boîtier pour deux caméras). Le coût de ce dispositif est de 500 euros par place. « Par rapport aux gains espérés, cet investissement serait largement supportable. »

Pour que cette technique soit intégrée dans les objectifs de sélection des lignées femelles Nucléus, le généticien estime qu’il faudra réaliser entre 3 000 et 4 000 mesures afin d’établir une bonne corrélation génétique entre le comportement des truies de chaque lignée et leurs performances en maternité. « C’est un objectif à plusieurs années. »

Sélectionner les animaux sur la digestibilité des aliments pourrait être un caractère intéressant à intégrer dans les schémas de sélection afin d’améliorer l’efficacité alimentaire des porcs charcutiers, en complément de la mesure de l’indice de consommation par les alimentateurs individuels connectés. « Selon les recherches déjà effectuées, ce critère présente une héritabilité élevée, et il est favorablement corrélé à l’indice de consommation », souligne Bruno Ligonesche. Le principe est simple : il suffit de mesurer trois critères représentatifs des aliments ingérés (l’azote, la matière organique et l’énergie) et d’évaluer ces mêmes critères dans les fèces. La différence permet de mesurer les coefficients d’utilisation digestive de l’aliment.

La mesure de ces trois critères se fait désormais très simplement grâce à un spectromètre proche infrarouge. Cet appareil qui tient dans une main procède à l’analyse qualitative de l’aliment ou des fèces et délivre immédiatement les résultats sur tablette ou smartphone. Les fèces sont collectées dans les cases, au moment où les animaux défèquent. « Notre objectif immédiat est de prélever 1 000 animaux par lignée. Ces mesures permettront dans un premier temps de calculer l’héritabilité de ce critère, puis de préciser son niveau de corrélation avec l’indice de consommation. » Ce programme appelé Seldig, également réalisé dans le cadre d’Alliance R&D et en collaboration avec l’Inrae, devrait se terminer en 2025. « Si les conclusions sont à la hauteur des espoirs que nous avons dans cette approche, la digestibilité des aliments pourrait entrer alors dans le programme de sélection Nucléus. »

Une sélection classique des têtes de pyramide d’un schéma génétique sur la robustesse ou la résistance aux maladies est quasiment impossible. « Nos élevages de sélection sont bien protégés d’un point de vue sanitaire, et les animaux vivent dans des conditions d’ambiance parfaitement maîtrisées », rappelle Bruno Ligonesche. Difficile dans ce cas d’établir une variabilité permettant une sélection génétique. Cependant, grâce à la génomique, Nucléus espère pouvoir mettre en place une sélection sur ses lignées femelles Large White et Landrace à partir de données récoltées en élevages de production sur des animaux issus de truies croisées F1.

Grâce aux données génomiques de ces deux lignées récoltées depuis six ans, Nucléus possède désormais des populations de référence de grande taille. « Ces données permettent de faire le lien génétique entre les porcs charcutiers issus des truies F1 et leurs grands-parents de race pure. Nous pourrons alors définir des critères de sélection à partir de critères mesurés en élevage de production. »

Ces critères devront être les plus représentatifs possibles de l’objectif de sélection recherché, et ils devront être faciles à mesurer. « Cela peut être, par exemple, le nombre de traitements médicamenteux reçus ou le nombre de fois que les animaux contractent une maladie. » Mais il faut pour cela une traçabilité des animaux sans faille, et la collecte des données doit être la plus précise possible. « C’est désormais possible grâce aux outils de suivi numérique des animaux tels que l’application C-Suite couplée à une identification RFID. »

Dans le cadre du projet Sharp en collaboration avec l’Inrae et l’Ifip, l’objectif immédiat de Nucléus est de réaliser le suivi de 3 000 portées issues de 2 000 truies afin de détecter les critères de santé les plus pertinents à utiliser.

Peser les porcelets pour réduire le nombre de petits

Depuis deux ans, Nucléus sélectionne ses lignées femelles en calculant pour chaque portée le pourcentage de porcelets de moins de 1 kilo. Le schéma génétique utilisait auparavant le poids moyen des porcelets comme critère de sélection.

« Ce critère s’améliorait chaque année, mais l’écart entre les plus lourds et les plus légers ne baissait pas », constate Bruno Ligonesche. Depuis la mise en place de la sélection sur le taux de petits porcelets, cet écart se réduit significativement. Sur la lignée Large White, le pourcentage de porcelets de moins de 1 kilo est passé de 15,6 % en 2018 à 10,6 % en 2023, avec une baisse importante ces deux dernières années. Dans le même temps, le poids moyen des porcelets est passé de 1,36 à 1,45 kilo. « L’évolution est sensiblement identique pour la lignée Landrace. » Ce travail dans les élevages de sélection a été facilité par l’utilisation des boucles RFID permettant l’identification individuelle des porcelets. « Elles sont couplées à une bascule connectée qui permet de faire ce travail à une seule personne. »