Sélection

L'élevage allaitant attend beaucoup de la génomique

Une révolution ! Depuis deux ans, la plupart des intervenants oeuvrant dans le secteur de la génétique bovine ont en permanence ce mot à la bouche, lorsqu’il s’agit de faire état des perspectives qui seront à terme permises par la génomique dans la conduite des schémas de sélection des différentes races bovines. Pour l’instant, les éleveurs laitiers sont les seuls à en mesurer les effets pour les races Holstein, Montbéliardes et Normandes.

Depuis deux ans, ils utilisent de plus en plus des semences de taureaux génomiques qui ont été évalués dès leur naissance avec un degré de fiabilité équivalent à celui des reproducteurs en début de testage, voire qui la dépasse pour les caractères peu héritables (fertilité, caractères fonctionnels…). Les semences et surtout les évaluations génétiques qui les accompagnent sont proposées alors que ces taureaux ont guère plus de 15 mois. Avant l’arrivée de la génomique, il fallait attendre qu’ils aient de 5 à 6 ans pour que les résultats de leur évaluation sur descendance soient disponibles. Pour les races laitières, cette évaluation revenait entre 40 000 et 50 000 euros par taureau testé, mais comme il n’y en avait guère qu’un sur 10 qui était conservé ce prix de revient avoisinait les 500 000 euros par taureau diffusé.

La stratégie est donc désormais de multiplier le nombre d’analyse génomique chez les veaux les plus prometteurs en proposant aussi un plus large panel de nouveaux taureaux chaque année, mais qui seront utilisés sur un intervalle de temps plus limité. « L’utilisation de la sélection génomique s’est accompagnée de fortes recommandations pour une utilisation de jeunes taureaux rapide, courte dans le temps et par groupe (« packs ») avec un nombre de doses limité. Nous recommandons également que chaque jeune taureau diffusé soit également père à taureau et donne un fils diffusé. Cette utilisation équilibrée assure un progrès génétique très élevé (environ doublée par rapport à un schéma conventionnel) avec une augmentation de consanguinité réduite de 25 % », expliquait Didier Boichard, directeur de recherche à l’Inra de Jouy-en-Josas, dans les Yvelines, à l’occasion d’un colloque sur la génomique bovine organisé dans le cadre du Sommet de l’élevage.

Adieu au "star system"

» Cette évolution des pratiques se traduit donc progressivement par une forme d’adieu au « star système », quand les quelques vedettes des catalogues des entreprises de sélection assuraient à elles seules le gros du bataillon des IA avec parfois plus de 100 000 paillettes utilisées en France et dans le monde pour un seul mâle. Qui plus est, ces taureaux d’élite étaient souvent retenus comme « pères à taureaux » dans les programmes avec pour conséquence une tendance à accroître la consanguinité. À côté de ce bouleversement des habitudes dans le choix et le mode d’utilisation des reproducteurs laitiers utilisés en IA, l’émergence de la génomique devrait permettre, dans les années à venir, de favoriser la sélection sur d’autres caractères (santé et résistance des veaux aux maladies, mais également composition du lait…) que ceux jusqu’à présent pris en compte dans les programmes de sélection.

Et pour la viande ?

Si génomique rime désormais avec génétique pour les principales races laitières, il est loin d’en être de même pour les races à viande. Comparativement à la Montbéliarde, la Normande et surtout la Holstein, toutes n’ont pas la possibilité d’avoir une population de référence de taille suffisante pour obtenir des index génomiques fiables. D’où la stratégie retenue d’une évaluation multiraciale consistant à évaluer un reproducteur à partir de populations de référence composée de toutes les races. Une pratique qui permettrait d’optimiser l’utilisation des populations de référence, d’élargir la sélection génomique aux autres races laitières d’effectif plus limité et aux races allaitantes et, d’étendre la sélection à des caractères difficiles ou coûteux à mesurer.

« Cela correspond au projet Gembal, (Génomique MultiRace en Bovins Allaitants et Laitiers) pour lequel environ 5 000 animaux de toutes les races laitières et allaitantes françaises bien connues sur les caractéristiques phénotypiques de leur descendance vont être génotypés avec la puce haute densité (777 k) dans le but de construire des connexions génétiques entre les différentes populations et estimer les probabilités d’identité par descendance entre les races », précisait Didier Boichard.

Comme pour les races laitières, l’objectif est pour les allaitantes d’élargir via la génomique l’évaluation génétique des animaux à d’autres critères. « La demande de la part des éleveurs est de permettre une évaluation et une amélioration des caractères qui vont dans le sens d’une plus grande facilité de conduite de leurs animaux et d’une meilleure productivité du travail. Dans un contexte de hausse des effectifs dans les exploitations, les éleveurs veulent pouvoir consacrer moins de temps au suivi de leurs animaux », expliquait Luc Chopard, directeur de l’UCATRC. En dehors des aspects facilités de naissance, viabilité des veaux et rapidité de ces derniers pour aller prendre seul leur première tétée, les attentes portent aussi sur une meilleure résistance de ces derniers aux maladies pour réduire le nombre d’interventions et les frais qui en découlent.

Pas de la science fiction

Selon les chercheurs, le fait d’arriver un jour à des résultats sur ces aspects ne serait pas, de la science fiction. Pour autant, ils ne se prononcent pas sur le délai qu’il sera nécessaire pour mettre en oeuvre concrètement ce genre de projets. Face à eux, leurs financeurs commencent à faire preuve d’impatience. Pour le volet races à viande, ils aimeraient désormais avoir un début de retour sur investissement. Une partie de ces travaux de recherche ont été financés via des fonds interprofessionnels liés au lait mais aussi à la viande. Pour cela en 2002, la profession avait crée Apis-Gene, une structure agréée pour conduire des programmes de recherche, afin de collecter des fonds professionnels auprès de l’UNCEIA, des entreprises de sélection, du Cniel, de la CNE et d’Interbev.

Entre 2003 et 2008, la profession avait investi 5,3 millions d’euros sur un budget total de 9,6 millions d’euros. Le reste était abondé par l’Agence nationale de la recherche et l’Inra. Depuis 2008, la capacité de financement de la profession est d’un peu plus de un million d’euros par an. « Actuellement, les différents membres de l’interprofession bovine piaffent d’impatience d’avoir des retombées concrètes de ces travaux. Messieurs les chercheurs, dépêchez- vous d’apporter des solutions au monde de la viande ! Personne n’a d’argent à perdre dans ces projets s’il n’y a pas prochainement et concrètement de vrais résultats », expliquait Maurice Barbezant, directeur de l’UNCEIA et qui s’exprimait aussi au nom d’Yves Berger, directeur d’Interbev.

Jusqu'à la tendreté de la viande

Les attentes d’Interbev portent en particulier sur la productivité numérique dans les troupeaux. « On perd beaucoup trop de veaux à la naissance ! Sur la partie élevage, les questions importantes sont la résistance aux maladies. Il nous faut des animaux plus rustiques et solides, mieux à même de résister seuls aux stress extérieurs en faisant appel à moins de médicaments. » Une étude récente réalisée par l’Institut de l’élevage fait état d’une mortalité des veaux dans leurs premiers jours de vie avoisinant les 10 % dans les élevages allaitants et 12 % en laitier. Maurice Barbezant d’expliquer qu’à côté de cet axe de travail clé, priorité avait également été donnée par l’interprofession aux recherches sur l’efficacité alimentaire mais également sur la qualité de la viande et tout particulièrement sa tendreté.