Le génotypage charolais en ordre de marche

Après Gènes diffusion et Charolais univers, le herd-book Charolais a lancé son offre génomique en mai. « Sur la partie purement évaluation génomique Iboval, les trois opérateurs restituent exactement les mêmes résultats : pour les mêmes caractères, les résultats sont calculés par l'UMT 3G (Inra, Institut de l’élevage, Allice) selon la même méthode, passent par le même processus d'évaluation hebdomadaire, et sont exprimés de la même façon, sous forme numérique en base 100 avec un CD », explique Serge Miller, de l’Institut de l’élevage. Chaque opérateur a par contre construit son offre de génotypage de façon différente en apportant en même temps d'autres informations, des conseils et des services complémentaires.

Pour faire génotyper un animal charolais, l'éleveur passe par l'une de ces trois sociétés d'exploitation qui fait interface entre lui et la structure d'indexation. Environ deux mois après le prélèvement de l'échantillon d'ADN, les résultats d'évaluation sont disponibles. Ce sont des "IPVgeno" (indicateur précoce de valeur génomique). Ils sont d'abord provisoires, puis deviennent officiels après l'évaluation Iboval officielle qui a lieu tous les six mois, si leur précisions sont suffisantes au regard des règles définies par France génétique élevage. « Les index combinent les informations dont on disposait avant la génomique — les valeurs polygéniques, calculées à partir de l'ascendance, des performances propres et éventuellement de la descendance —, complétées par les informations génomiques directes apportées par le génotypage de cet animal." L'évaluation porte sur tous les caractères au sevrage et sur les aptitudes bouchères sur jeunes bovins en ferme. Ce sont ainsi treize caractères Iboval génomiques qui sont restitués. « En race Charolaise aujourd'hui, les gains de CD apportés par la génomique représentent +10 à +70 % selon les caractères », précise Serge Miller. Ils sont modestes, mais non négligeables. Par exemple, pour un jeune candidat à la sélection, un CD qui était de 0,30 avant la génomique peut devenir un CD de 0,45 (+50 %). L'enjeu pour les années à venir est d'accroître les populations de référence, ce qui multipliera les apports de la génomique.

Des informations sur les caractères maternels des jeunes taureaux

C'est pour les jeunes mâles de monte naturelle que le génotypage a le plus d'intérêt. Pour un acheteur de taureau de monte naturelle, le génotypage permet de sécuriser son choix et de mieux identifier le profil génétique de l'animal convoité. « L'éleveur dispose en particulier d'informations sur les caractères maternels que sont la facilité de naissance, l'aptitude au vêlage et l'aptitude laitière — là où auparavant on ne disposait que des valeurs de ses parents pour se faire une idée. Ces informations sont disponibles même si le taureau n'a aucun descendant contrôlé », explique Serge Miller. Rappelons que, jusqu'à présent, les résultats d'évaluation d'un taureau ne sont diffusés qu'à partir du moment où il dispose de vingt-cinq produits contrôlés, ce qui arrive souvent après la fin de sa carrière de reproducteur en monte naturelle.

L'acquéreur d’un jeune taureau de monte naturelle génotypé peut mieux objectiver ses choix génétiques, et mieux gérer les accouplements pour ceux qui disposent des index de leurs femelles.

Pour les femelles, l’OS Charolaise a choisi la position prudente d'ouvrir actuellement l'accès au génotypage uniquement aux femelles en VA4. Faire génotyper une femelle ayant déjà des produits contrôlés n'a pas vraiment d'intérêt, car la génomique n'apporte pas beaucoup plus de précision pour l'instant. Le génotypage apporte par contre un progrès pour les génisses. L'option d’optimisation du génotypage consiste à faire génotyper chaque année toutes ses génisses. Le tri des génisses à conserver pour le renouvellement s’en trouve sécurisé. En quelques années, toutes les reproductrices sont ainsi connues et les accouplements peuvent être affinés. Pour une option plus économique, l'éleveur peut faire génotyper le tiers de l'effectif de ses génisses parmi les « moyennes », pour lesquelles il n’est pas facile de choisir entre la réforme et la carrière de reproductrices.

Population cible

L’OS Charolaise a défini la population cible : les animaux pouvant faire l’objet d’un génotypage Iboval sont les femelles qui sont en contrôle de performances en VA4 et les mâles inscrits « race pure certifiée » ou inscriptibles (y compris embryon) de père et mère inscrits au livre A du livre généalogique.

Pas de différé « racial »

En race Charolaise, l’OS a décidé qu’il n'y a pas de différé « racial » de communication ou de publication des valeurs génomiques pour les mâles comme pour les femelles : les résultats sont rendus à l'éleveur dès leur calcul. Un différé « client », qui consiste à réserver la primeur de l’usage des valeurs génomiques d’un animal donné au client l’ayant commandé (non-publication au SIG), est possible pour une durée maximale de 180 jours.

Quatre services inclus pour le herd-book Charolais

L'offre du herd-book inclut les index Iboval génomiques (IPVgeno), la certification race pure (si l'animal est inscriptible), la vérification de parenté bovine (si le père et la mère sont connus par marqueurs SNP) et la recherche des caractères culard et sans cornes. L'interprétation des résultats est réalisée par l'expert du herd-book.

Le herd-book participe à l’effort en « prenant en charge » la certification de l'animal, dans le but de rendre cette nouvelle technique plus accessible économiquement aux éleveurs. Le laboratoire départemental de la Nièvre a été agréé pour réaliser les analyses. Le tarif est de 120 euros pour les mâles et 93 euros pour les femelles (84,50 € par femelle si 11 femelles sont génotypées) et un tarif couple est proposé (une femelle et un mâle : 209 €).

« Nous avons défini l’offre génomique du herd-book répondant aux attentes de nos adhérents, en faisant le choix de privilégier qualité, précision de la donnée et prix d’accès à cette nouvelle technologie, sans se précipiter et risquer les déconvenues ", explique Florence Marquis, directrice du herd-book Charolais. Pour la lancer, le HBC attendait que la population de référence soit confortée par le génotypage de 1 000 taureaux supplémentaires en 2015 et la validation des critères de diffusion par France génétique élevage." Notre objectif est de faire bénéficier les éleveurs d’une information dans les plus brefs délais sur la valeur génétique de leurs futurs(es) potentiels(elles) reproducteurs(trices) afin d’affiner leur sélection aussi bien sur la voie mâle que sur la voie femelle, et de disposer de données sur les jeunes reproducteurs, ce qui constituera également un atout commercial certain." Par ailleurs, le HBC met l’accent sur l'importance de lier le CD à la valeur génomique dans l'interprétation que l'on fait des résultats, et ceci pour éviter les écueils connus par le passé avec la déconnexion du CD de l’index Iboval, notamment sur la voie femelle. "Le matériel génétique appartient à l'éleveur. Le rôle de notre association est de bien respecter cela. L'éleveur décide de l'avenir de l'animal sans aucune clause restrictive. »

Charolais univers ajoute le résultat pour cinq gènes d'intérêt

La signature "Charolais original", partagée par les coopératives partenaires du schéma Charolais univers, a été lancée en juin 2015. "Près de 2 500 animaux ont été génotypés en un an, dont la moitié pour le compte d'éleveurs, et autant dans le cadre du schéma de sélection ", explique Sébastien Clairand, directeur du programme Charolais univers. L'offre permet d'obtenir les treize index Iboval génomiques de l'animal, la filiation, ainsi que le résultat pour cinq gènes d'intérêt : culard, sans cornes, ataxie progressive, blind (perte de vision progressive) et DEA (syndrôme sans poils et sans dents). Ces trois derniers sont des mutations responsables de maladies génétiques dont la gestion dans le troupeau devient ainsi abordable en race Charolaise. L’analyse est réalisée par Labogena (appartenant à Evolution). Le tarif conseillé pour les mâles est de 199 euros (pour un animal) à 145 euros (à partir de 25 génotypages). Pour les femelles, il s'établit de 89 euros à l'unité à 56 euros à partir de vingt-cinq génotypages. Le tarif par couple s'élève à 238 euros.

Profusion d’index génomiques pour Gènes diffusion

Depuis juillet 2014, l’entreprise de sélection Gènes diffusion proposait pour l’ensemble des détenteurs de bovins charolais (adhérents ou non au herd-book Charolais et à Bovins croissance) des tests génomiques réservés aux femelles. Une offre élargie aux mâles quatre mois plus tard. À partir d’un échantillon d’ADN prélevé sur les bulbes des poils du toupillon de la queue, Gènes diffusion déterminait quatre prédicteurs de morphologie (longévité de la mamelle, fonctionnalité des trayons, solidité des aplombs arrière, locomotion) deux prédicteurs de comportement (comportement vis-à-vis de l’homme, instinct maternel vis-à-vis du veau) et quatre prédicteurs de morphologie (facilité de naissance, potentiel de croissance, aptitude au vêlage, aptitude à l’allaitement). Ce même échantillon d’ADN permettait également de renseigner les éleveurs sur le statut de leur animal vis-à-vis des gènes culard et sans corne tout en contrôlant la compatibilité de la filiation.

À compter de juin 2016, les éleveurs qui feront procéder à ces évaluations génomiques bénéficieront d’un net élargissement des informations proposées. Pour compléter les dix index GDScan déjà existants, onze nouvelles évaluations génomiques supplémentaires ont été mises en place sans que cela ne se traduise pour autant par une augmentation du coût de cette évaluation. L'évaluation GDScan + Gembal est jusqu'à présent facturée 70 euros l'unité pour les femelles et 205 euros pour les mâles, avec des tarifs dégressifs au-delà d'un certain nombre. 

La nouveauté 2016, ce sont des indexations génomiques sur la morphologie, lesquelles faisaient jusque-là défaut dans l’évaluation GDScan. Elles ont pu être mises en place grâce aux pointages réalisés au moment du sevrage, alors que les index de morphologie jusque-là proposés par Gènes diffusion (mamelle, trayon, solidité des aplombs arrière, locomotion) concernaient du post-sevrage. On a désormais neuf critères supplémentaires mais au sevrage.

« Ces index sont construits de façon identique à Iboval Gembal, précise Sébastien Landemaine. Nous avons demandé à nos chercheurs d’analyser ce qu’il était possible de faire à partir des dix-neuf notes de pointage appréciées sur un animal au moment du sevrage."

Depuis le mois de juin, sur les tests génomiques réalisés par Gènes diffusion, apparaissent donc deux nouveaux index de synthèse pour le “développement musculaire”, à savoir l’index développement musculaire dos (DMDos g). Il résulte pour 10 % du pointage du dessus d’épaule, 40 % de largeur du dos et 50 % d’épaisseur du dessus. L’index de développement musculaire de l’arrière-main (DMArM g) est pour sa part constitué de 40 % de largeur de culotte, 40 % de longueur de culotte et 20 % d’arrondi de culotte. Pour le critère développement squelettique, Genes diffusion a choisit de mettre en place trois index de synthèse pour les différentes parties du corps de l’animal. À savoir le développement squelettique longueur animal (DSLon g) avec 50 % de longueur du dessus et 50 % de longueur de bassin ; le développement squelettique largeur animal (DSLar g) avec 50 % de largeur aux hanches et 50 % de largeur aux trochanter ; et le développement squelettique gabarit (DSGab g) avec 50  % pour le développement et 50 % pour la profondeur de poitrine.

Quatre autres index relatifs aux aptitudes fonctionnelles viendront compléter ces informations. Elles concerneront la largeur du mufle (Mufle g), la qualité des aplombs avant (AAv g) et des aplombs arrière (AAr g) et enfin la rectitude du dessus (Rec g).

Pour les index de production, les CD avoisinent 0,6 pour DM g et DS g, et 0,3 et 0,5 pour les neuf index décomposés morphologiques. La précision de ces index est donc encore perfectible. Elle va progressivement s'améliorer avec l'enrichissement progressif des bases de références.