Sélection variétale/mutagenèse : comprendre les NBT en 5 questions

L’appellation des NBT, pour New Breeding Techniques, ou nouvelles techniques de sélection végétale, englobe des techniques variées, dont certaines ne se cantonnent pas à l’obtention végétale. Toutes ont en commun d’agir sur le génome. Dans le domaine de l’amélioration variétale, ce sont les pratiques d’édition génomique qui focalisent l’attention. Ces méthodes de mutagenèse consistent à intervenir sur un gène pour l’activer, l’éteindre ou le modifier, mais la plupart du temps sans insérer d’ADN étranger.

« Avec ces techniques, on peut aller changer une paire de bases sur les 17 milliards de paires que compte le génome du blé, explique Pierre Devaux, directeur recherche et innovation chez le semencier Florimond Desprez. On peut ainsi intervenir sur le gène de résistance à une maladie pour qu’il s’exprime, ou changerune petite partie du génome pour éteindre l’expression d’un gène de sensibilité. » Cela s’apparente donc à une mutation ponctuelle en un lieu bien précis du génome.

« Ce qu’on peut faire avec l’édition du génome est identique aux mutations ponctuelles qui se font dans la nature, à la source de l’évolution, affirme Hélène Lucas, directrice de recherche Inrae. On ne peut pas savoir si une mutation dans un génome a pour origine une mutation spontanée ou les NBT, car le résultat est le même. »

La promesse des NBT : pouvoir obtenir rapidement une variété avec un critère désiré. Une fois identifié un gène ou groupe de gènes codant pour un caractère donné, les NBT permettent d’agir avec précision pour modifier le ou les gènes en question.

« Avec les méthodes classiques de sélection, lorsqu’on découvre un gène de résistance intéressant, il faut souvent dix à quinze ans pour le transférer dans une variété cultivable performante, dite 'élite', car il faut pour cela réaliser de nombreux croisements, souligne Sébastien Chatre, directeur de la recherche chez RAGT. Grâce aux NBT, une fois le gène identifié, on peut l’activer ou l’éteindre, sans passer par cette succession de croisements. D’ici deux ans, nous allons lancer des variétés de blé dur résistantes à la mosaïque. Cela nous a demandé vingt ans de travail avec les méthodes de sélection classique. Avec les NBT, il est probable que l’on aurait pu arriver à un résultat au moins aussi bon en trois ans. »

Malheureusement, quoique beaucoup plus précises que les méthodes de transgenèse, les interventions opérées par les NBT ne sont pas chirurgicales, et les modifications apportées au génome ne se limitent pas au gène visé. C’est ce que l’on appelle les effets non intentionnels.

Pour les défenseurs des NBT, les effets non intentionnels peuvent être identifiés et en grande partie éliminés grâce à des outils de séquençage de plus en plus puissants. Mais des scientifiques jugent encore insuffisantes ces méthodes pour garantir un « nettoyage » d’une totale efficacité.

« Quand on utilise ces outils de mutagenèse, il en résulte des épimutations non désirées, avec par exemple des gènes qui s’exprimaient et ne s’expriment plus, et qui ne font pas partie du caractère évalué, affirme Guy Kastler, qui suit ces questions depuis de nombreuses années au sein de la Confédération paysanne. On ne dit pas qu’il faut interdire les NBT, mais qu’il faut évaluer ces plantes de manière particulière avant de les disséminer dans l’environnement. L’évaluation des effets de la technique est nécessaire, pas seulement celle du gène visé, tout comme l’étiquetage et le suivi. »

Parce qu’elles sont plus précises et permettent de travailler sur des caractères plus complexes, les NBT seraient un outil précieux pour faire face aux défis de l’agriculture, selon leurs promoteurs. Elles permettraient de développer des variétés mieux adaptées aux extrêmes climatiques, ou résistantes aux maladies. Des promesses qui rappellent celles faites à propos des OGM et qui ne se sont guère confirmées, rétorquent les détracteurs.

Pour Guy Kastler, de la Confédération paysanne, « les NBT sont totalement antagonistes avec l’agroécologie, qui repose sur l’adaptation des plantes à leurs conditions de culture, au cas par cas. Le modèle économique du brevet et de la concentration de l’industrie semencière, dans lequel s’inscrivent les NBT, c’est de vendre partout la même chose pour avoir un retour sur investissement ».

Une opinion que contestent certains semenciers français, dont Florimond Desprez et RAGT. L’accès aisé à ces technologies, techniquement et financièrement, permettrait au contraire de rentabiliser des variétés à une échelle réduite, ou d’apporter du progrès dans des espèces mineures actuellement délaissées. Pour qu’une espèce puisse profiter de ces techniques à un coût abordable, il faut toutefois qu’elle puisse facilement donner lieu à une régénération cellulaire, ce qui exclut certaines plantes.

Pour l’heure, les obtentions mises sur le marché issues des NBT se comptent sur les doigts de la main, mais de nombreuses variétés sont en développement ou en phase de précommercialisation.

La question de la réglementation est cruciale. En Europe, les variétés issues de ces outils de mutagenèse sont considérées comme des OGM et soumises à la directive 2001/18. La Commission européenne doit toutefois rendre un rapport en avril où sera évaluée la pertinence de cette directive à l’aune des dernières évolutions scientifiques, avec une éventuelle réécriture à la clé.

Les partisans des NBT demandent que ces techniques ne soient plus rattachées à la réglementation OGM. « On nous promet des techniques d’édition du génome beaucoup plus simples et moins coûteuses que les OGM, dont l’obtention coûte plusieurs dizaines de millions de dollars entre la mise au point et l’homologation, explique François Desprez, président de Maison Florimond Desprez. Alors que les technologies OGM sont concentrées dans les mains de quelques acteurs, l’offre en licences sera potentiellement beaucoup plus importante et donc moins déséquilibrée pour l’obtenteur avec les NBT. Mais si l’on applique la réglementation actuelle des OGM, la technologie ne sera pas rentable. »

La crainte est partagée par Sébastien Chatre, chez RAGT. « Une réglementation type OGM viendrait barrer la route aux NBT, estime le scientifique. On priverait les agriculteurs français de variétés disponibles ailleurs, plus rentables, avec au bout du compte la nécessité d’importer des produits issus de ces technologies. Il faut une réglementation, de la transparence sur la façon dont ont été obtenues les variétés, mais sans tuer la technique. »